一、研发层面
　　1.品种是培育还是购买?
　　品种是种业之本，没有品种就没有经营，没有经营就没有公司。品种的利润都是趋向平均的，这是经济规律。只有新的品种给农民带来新体验、新效益，在初期才会拥有超额收益。所以种业公司都在不停地推出新品种。新品种的来源只有两个途径，一是公司建立育种团队，从事新品种培育。二是依赖公司外部的育种力量，以各种形式合作审定新品种或取得新品种的生产经营权。前者投入大，见效慢，不确定性高;后者投入相对要小，见效快，确定性略高，但优良性不确定。所以种业界有“育种是找死，不育种是等死”的说法。
　　相当数量的公司选择了自己建立育种团队的方式，其结果是投资巨大，所出品种不能满足市场所需。大多数公司是以各种形式合作审定新品种或取得新品种的生产经营权，这些公司的问题是很难获得一流的品种。没有一流的品种，就不可能有一流的营销，自然就不可能有一流的利润。所以，是自己培育新品种还是购买新品种，这成为种业公司特别是中小型公司的艰难选择。
　　2.育种组织形式是生产线还是小作坊?
　　我国大多数种业企业尚处于传统育种阶段，传统封闭式小规模育种必然带来低效率问题。我国种业企业、科研院所一般都是依靠个别育种家及其带领的小团队，甚至是“夫妻店”或“师徒帮”，进行“作坊式”育种，育种团队之间也缺乏合作和交流。小规模育种能够创制的材料、配制和测试的组合都极其有限，培育出优良品种的可能性自然就小，甚至只能算是偶然事件。我国育种专家不少，团队也多，但培育出的有竞争力品种却不多，效率很低。
　　国外种业发展的成功经验表明，高效率的育种模式应该是大规模、分工协作的“流水线”模式。各环节分工明确，创制材料多，材料研究深，配制组合多，测试规模大，如此能够把选育出优良品种这个偶然事件变成必然事件。此外，材料研究越深，配制组合越多，测试规模越大，结果也就越可靠，选育出的品种也就越优秀。依靠现代商业化育种模式，国际种业巨头可以培育出极具竞争力的商业化品种。
　　对一般企业特别是小企业来说，是“作坊式”育种还是“流水线”育种，这是一个不小的难题。
　　3.育种定位是模仿还是创新?
　　成功者善于模仿，纵观育种界，有许多成功的育种家都是虚怀若谷、见贤思齐，娴熟地运用着模仿的技巧，从而获得了骄人的成绩。在中国种业高速发展的今天，许多育种家经过数年乃至二三十年的引进和积累，手中都不乏各种遗传资源，长时期的杂交、选择，培育出了许多新品种。
　　但是数十年下来，随着育种水平的提高和遗传基础的变窄，再培育出优于生产上主流品种、深受市场欢迎新品种的难度越来越大，机会越来越少，各作物都出现了新品种严重同质化的现象，可以说作物育种进入了“瓶颈期”，这就要求育种家必须创新，创新育种资源，创新育种方法，创新育种技术，甚至创新育种思路。
　　然而，创新说易行难，想易得难，风险极大，往往会是失败居多，即使成功也是“远水不解近渴”!还有在中国知识产权保护不完善的今天，创新难、保护难、复制易、盗版易，创新投入难以得到回报，这样使得创新的动力大减。
　　模仿是创新的初级阶段。虽然模仿育种相对于创新育种要容易得多，但育种技术与其它工业化技术的一个根本区别是，工业模仿有可能突破，而育种模仿有可能模仿出很多缺陷。所以育种上的模仿需要悟性，而悟性又来源于常年累月的经验积累。模仿虽然可以成为走向成功的捷径，但模仿绝不是邯郸学步、照猫画虎般简单。对这一点必须有清醒的认识，否则便会功亏一篑，输得一败涂地。
　　如上所述，模仿难以超越，创新容易失败!于是，模仿还是创新，成为种业企业和育种家的两难选择。
　　4.区试是跑点还是不跑点?
　　“跑点”被中国种业界赋予了特殊的含义，指育种单位或育种家在有品种参加区域试验时，要到各区试点找人找关系，甚至送礼打点，希望试验人员关照自己的品种，以期获得好的结果，以便通过审定。对种业公司来说，跑点与不跑点，是一个艰难的选择。
　　跑点有四难：一是花钱花精力，省级区试一般十来个点，国家区试30多个点，两年区试，一年生产试验，跑下来人力财力消耗巨大;二是跑点未必能见效，因为试验人员绝大多数都有基本的底线，篡改数据是极个别情况;三是如果参试品种个个都跑点，也等于没跑。四是跑点出来的品种农民不接受，反而会给公司造成损失。
　　不跑点也难，担心别人跑对自己不利，自己的品种不能通过审定。所以，只要有品种在区试中，跑点与不跑点的确是一个十分纠结的事情。
　　5.绿色通道或联合体试验是做还是不做?
　　农业部规定，“符合农业部规定条件、获得选育生产经营相结合许可证的种子企业(以下简称育繁推一体化种子企业)，对其自主研发的主要农作物品种可以在相应生态区自行开展品种试验。”在业内这被称之为品种审定的“绿色通道”。
　　农业部对试验点数量有明确规定，比如玉米、水稻需要40个点，2年区试，一年生产试验。这就注定了“绿色通道”试验成本很高，本来该由政府承担的试验费用由企业承担了。按照现在物价水平，一组试验一个点一年的试验经费需要1万元，40个点就是40万元，还有组织管理的人员费用、差旅费用，一组试验一年就是50万元-60万元。按一组试验10个品种、50%的升级率测算，升级品种的试验费用每年10万以上，3年就是30万元-40万元，这对“育繁推一体化”企业是沉重的负担。不做，没有品种;做，除了花钱以外还要承担品种不好带来的风险。
　　“联合体试验”是这次修订《主要农作物品种审定办法》的一个重大突破，为非育繁推一体化种业企业、科教事业单位的育种提供了一条“绿色通道”。
　　办法指出：“具备试验能力的企业联合体、科企联合体和科研单位联合体，可以组织开展相应区组的品种试验。联合体试验按照国家级或省级组织的同类别品种试验要求实施，试验实施方案报国家级或省级品种试验组织实施单位审核，符合条件的纳入国家级或省级品种试验统一管理。”这看上去是一大利好政策，但细算下来，成本非常高昂。区域试验2年，生产试验1年，稻麦玉米不少于20个试验点。假设一组试验每个点试验费1万元，20个试验点至少20万元试验费。再假设每组试验11个品种(其中10个参试品种，1个对照品种)，升级率为50%，每个升级品种的试验费4万元;2年8万元，加生产试验减半2万元，通过1个品种仅试验费就是10万元。这远远高于参加国家组织的区域试验!还有试验人员工资、差旅，育种家工资、开支，按每组试验0.5个试验人员、1个3人育种家团队每年平均通过1个品种，按人均10万元计算，1个品种要摊销的人员费已达35万元，加上试验费每个品种就是45万元。这是假定参与单位的育种水平在联合体中能达到平均水平，每年有一个品种通过试验的情况。如果低于这个水平，成本还会更高。而且，长期如此的话，育种水平低的单位便会退出联合体。由于联合体至少5家单位，所以长远下去，联合体会不断减少!
　　仔细算账之后，显然参加区试比参加联合体试验要便宜得多!联合体试验是参加还是不参加，显然是一个两难的选择。