除了市场供需结构外，2016年影响种子供需状况的还有国家对种植结构的重大调整。根据全国农技中心分析，2016年杂交玉米种子过剩形势继续缓解，中晚熟品种种子价格将上扬；“三系”杂交稻种子过剩严重，“两系”杂交稻种子紧平衡。 
　　2016年春夏播玉米种子总供给量18.46亿公斤，从需求看，玉米收购价格下调，国家引导“镰刀弯”地区调整玉米种植结构等，玉米种植面积将下降。但在农产品价格整体下滑的背景下，玉米种植仍具比较效益优势，种植面积难以大幅下降。预计用种量11.5亿～12亿公斤，供需指数降到1.6以内，期末库存回落到合理水平上限以下。预计春季玉米种子市场价格基本稳定，而中晚熟品种种子价格将上扬。 
　　2016年杂交水稻种子市场供种总量3.39亿公斤，预计杂交稻面积稳中略降，国内用种和出口约需2.5亿公斤种子，供给充足。从品种结构来看，“三系”杂交稻种子供给过剩依然严重；“两系”杂交早稻种子供需平衡，在江西等地可能紧平衡。受杂交稻新品种优势不突出、常规稻优质新品种面积不断扩大的影响，预期出现紧平衡的早稻种子市场价格不会大幅上升；中稻种子市场供过于求压力依然很大，部分企业可能会对积压种子甩货，预期市场价格下滑。 
　　杂交棉、常规棉、常规稻、大豆、马铃薯等新产种子充足，能满足2016年用种需求。预计杂交棉面积1100万亩、常规棉3900万亩，需商品种子420万公斤、8800万公斤；杂交棉和常规棉种子供给总量分别达到478万公斤、11474万公斤。常规稻种植面积稳中略增，需商品种子6.6亿公斤。大豆面积9200万亩，需商品种子3.3亿公斤。在国家扶持马铃薯主食产品及产业开发的拉动下，预计马铃薯种植面积稳中趋增，需商品种薯53亿公斤。