现代农业中，育苗已经成为提高农业生产效率和生产成效的一项重要举措，而利用种子发芽室来开展育苗工作，不仅可以有效缩短育苗的生育期，实现周年集约化栽培，增加单位面积产出，而且节省用种，降低成本，提高苗木品质，提早成熟，增加产量，因此随着农业现代化的发展，种子发芽室已经成为很多农业生产企业或单位开展农业育苗和相关科研研究的重要设备。

        利用种子发芽室育苗的最大优势就是实现了在可控环境下育苗，可以有效提高种苗的质量。种子发芽室打破了传统育苗中自然环境的显著，种子的整个发芽过程可以按照要求来设定要求的温度、湿度和光照条件，这样一来，育苗工作的额开展可以不再受地域、季节和时间的限制，无论在何时何地、何种环境下，都可以开展育苗作业，因此异地育苗和集中育苗都可以有序的开展，有利于实现区域化和专业化育苗。

        另外采用种发芽室育苗，所得到的种苗品质是十分高的，由于改善了设施、环境和技术条件，种苗的素质是明显优于常规土壤育苗的，壮苗率和成活率高，定植后缓苗期短或不需要缓苗，不仅有利于防除病虫害、防止或减少自然灾害对于种子发芽的影响，而且将这样的种苗应用于盐碱地栽培，也可以在一定程度上克服立苗难、幼苗生长缓慢等问题，为后期生长奠定了良好的基础。而对于各地农业发展而言，采用种子发芽室进行集中育苗，还能够带动当地蔬菜或花卉等相关产业发展，促进蔬菜或花卉商品化生产，提高当地农民的劳动收入。