对于新安装的或者长期未使用的超净工作台，使用前必须对超净工作台和周围环境进行清洁工作，再采用药物灭菌法，或紫外线灭菌法进行灭菌处理。操作区域不允许存放不必要的物品，保持操作区的洁净气流流动不受干扰。

        使用仪器时，应提前开机，同时开启紫外杀菌灯，处理操作区内表面积累的微生物，30分钟后关闭杀菌灯，启动风机。工作时关闭杀菌灯，否则会对人体有伤害。工作人员应穿着洁净的工作服、工作鞋，代号口罩和帽子，以保证工作去洁净卫生，操作结束后，清理工作台面，收集各废弃物，关闭风机及照明开关，用清洁剂及消毒剂擦拭消毒。
        在使用超净工作台时，为了能够保持超净工作台的使用效果，工作人员要定期给仪器进行清理和维护：根据环境的洁净程度需要，可定期将粗滤布拆下清洗或给予更换。定期对环境周围进行灭菌，同时经常使用纱布沾酒精等有机溶剂将紫外线杀菌灯表面擦拭干净，保持表面清洁，否则会影响杀菌效果。每隔一段时间（两个月左右）用风速测量仪器检测一次工作区域的平均风速，如发现不符合技术标准，应调节调压器手柄，改变风机的输出电压，使工作台处于较佳状态，当加大风机电压已经不能使风速达到0.32m/s时必须更换高效空气过滤器。