种子的劣变或老化是导致种子生命力和萌发里降低或活力丧失的重要原因，因此在现代种子的储藏过程中，人们利用种子保存箱等来控制种子的储藏条件，以此来延缓种子劣变速度，提高种子的贮藏寿命。
        研究表明，温度是影响种子贮藏寿命的重要因素之一，在超低温条件下, 调节和控制细胞生长代谢的各类酶的作用受到极大抑制，使细胞内部的生化反应十分缓慢，甚至停止，可以避免细胞遗传性状的改变，细胞和组织不会丧失形态发生的潜能，被保存材料可以大大减少甚至终止代谢衰老过程，从而达到长期保存种质的目的。因此种子保存箱一个最重要的控制因素就是温度。
        种子保存箱可以帮助创造超低温的环境条件，利用它进行种子冻存具有简洁方便的优点，一般来说，许多种子在低温保存时，种子生活力降低较快, 如林木种子通常在4～ -20 ℃低温下保存，但大多数情况下，保存几年后，种子便丧失生活力。种子遗传基因含量充足丰富，采用超低温保存技术，冻存了种子基本上就冻存了整套遗传信息。因此可以保持种子的发芽率。
        利用种子保存箱超低温保存牧草种子的过程中，含水量高低以及脱水方法是关键因素。含水量过高会造成保存材料在冷冻和解冻过程中受到冻害甚至死亡，过低又会造成脱水伤害影响其活力。若能最大限度地减少脱水伤害和降低含水量，保存材料的活力就能得到最大限度的保持。因此，在这方面需要特别注意，一般来说正常种子超低温保存的最适含水量一般在9%以下，有的含水量下限值达到2%，仍能保持很高的发芽率。因此在进行种子超低温保存时，需要依据植物种类和工作目的而区别对待。